實驗室布局充分考慮了環境監測既有現場監測又有實驗室分析的特點, 結合環境監測工作流程和程序、實驗室安全、實驗室專業學科功能和監測站今后的發展方向(有機、生態為主)在每個樓層分別設置了分析實驗室、儀器分析室、天平室、前處理實驗室和輔助功能實驗室等,輔助功能實驗室又包括樣品間、洗瓶間、設備間等。并在每個樓層預留了一定的實驗室作為今后發展之用。具體樓層分布為：
一樓: 現場監測和后勤保障室, 包括水質準備室、氣質準備室、接樣室、冷藏間、應急輻射監測室、化學試劑室、樣品室、耗材庫房、儲藏間、氣瓶間和計算機房;
二樓: 常規實驗室, 包括樣品室、質量管理監控室、設備間、流動注射室、理化室、COD 室、天平和分光光度室及部分辦公室;
三樓: 常規實驗室, 包括設備間、樣品室、理理化室、儀器室、自動監測校準室、天平和分光光度室、嗅辯室和部分辦公室;
四樓: 樣品室、設備間、預處理室、土壤預處室、氣相色譜室、氣相色譜質譜室、TOC室、蘇碼罐- GC - MS室、吹掃捕集- GC - MS室、熱脫附- GC - MS室、洗瓶間、天平和分光光度室, 四樓有機預處理室房間共3個, 約180m2 ;
五樓: 無機和生態室, 包括純水機房、樣品室、設備間、預處理室、石油類分析室(考慮到通風, 放在頂層) 、原子熒光儀室、離子色譜儀室、測汞儀室、原子吸收儀室、ICP - AES儀室、ICP - MS儀室、分子生物室、生物預處理室、生態室、生物培養室、生物潔凈室、BOD 室和天平分光光度室。考慮到通排風和給排水的方便性, 在樓層布局時我們將每一樓層主要通風設施和主要上下水管道安排在了整幢樓的兩邊的房間。考慮到實驗室消防要滿足相應要求, 實驗室走廊主通道為2500mm,操作室內主通道≥ 1500mm, 操作室內次通道≥1200mm。化學分析室、樣品前處理室等操作室設有桌上型洗眼器。實驗室相應區域設置緊急噴淋裝置。化學實驗室、前處理實驗室內設有安全急救箱、存放常用的急救藥品。